Допускаются стандартами все окрасы котят мейн-кунов, кроме полученных в результате спаривания с другими породами. Однако, селекционно-генетические программы РСА ведут работу на расширение вариантов окрасов мейн-кунов, в том числе на получение шоколадного окраса, колор-пойнт, циннамон, сорель.